ロゴを変更する場合、
html ＞ /themes/ ＞ （デフォルトのままであれば）/cube_default/ 内の
theme.html
を修正し、imagesに保存した新ロゴと一緒にUPロード
とここまでしても変更されない
と思ったら、テーマファイルはPHPスクリプトにコンパイルされて、templates_cに保存されるらしく、UPロードするだけでは変更されないとのこと。
管理者メニュー ＞ 全般設定 ＞ 「themes/ ディレクトリからの自動アップデートを有効にする」を有効にすると、、、
おぉ。ばっちりです。
参考サイト：xoopsトラブルシューティング